Pseudotuberculosis คือการติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรีย Yersinia pseudotuberculosis ซึ่งติดต่อผ่านการสัมผัสกับอาหาร เครื่องนอน และวัสดุอื่นๆ ที่ปนเปื้อนอุจจาระของนกป่าหรือสัตว์ฟันแทะ น่าเสียดายที่ pseudotuberculosis มักจะนำไปสู่ภาวะเลือดเป็นพิษในแฮมสเตอร์ ยิ่งไปกว่านั้น มันแพร่ระบาดสู่มนุษย์ ดังนั้นแฮมสเตอร์ที่เป็นโรคนี้ หรือแฮมสเตอร์ที่สัมผัสกับพวกมัน จะต้องถูกทำการุณยฆาต
โปรโตซัวเป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวที่สามารถก่อให้เกิดโรคในหนูแฮมสเตอร์ ซึ่งพบได้บ่อยที่สุดคือโรคกระเพาะและลำไส้อักเสบจากโปรโตซัว แม้ว่าแฮมสเตอร์ที่มีสุขภาพดีมักจะมีโปรโตซัวอยู่ในทางเดินอาหารโดยไม่มีอาการไม่พึงประสงค์ แต่แฮมสเตอร์ที่อายุน้อยหรือเครียดอาจพัฒนาการติดเชื้อในลำไส้และท้องเสียอันเป็นผลมาจากระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ
Proliferative enteritis เป็นภาวะทางการแพทย์ที่ทำให้เกิดการอักเสบของลำไส้เล็กและท้องเสียตามมา พบได้บ่อยในแฮมสเตอร์ที่มีระบบภูมิคุ้มกันบกพร่อง เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย Lawsonia intracellularis ความเครียด สภาพที่แออัด และการเปลี่ยนแปลงของอาหาร ล้วนส่งผลต่อระบบภูมิคุ้มกันของหนูแฮมสเตอร์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหนูแฮมสเตอร์อายุน้อย ซึ่งสามารถถูกทำลายได้โดยลำไส้อักเสบที่ลุกลามอย่างรวดเร็ว
โรคถุงน้ำหลายใบทำให้เกิดถุงน้ำซึ่งเรียกว่าซีสต์ (Cyst) เพื่อพัฒนาในอวัยวะภายในของหนูแฮมสเตอร์ หนูแฮมสเตอร์อาจพัฒนาซีสต์ได้ตั้งแต่หนึ่งซีสต์ขึ้นไป โดยปกติอยู่ที่ตับ โดยแต่ละซีสต์มีเส้นผ่านศูนย์กลาง 3 เซนติเมตร อวัยวะภายในอื่นๆ ที่สามารถพัฒนาซีสต์เหล่านี้ได้ ได้แก่ ตับอ่อน ต่อมหมวกไต ต่อมเพศ (ในเพศชาย) และ/หรือรังไข่หรือเนื้อเยื่อที่บุในมดลูก (ในเพศหญิง)
กระดูกหักหรือที่เรียกกันทั่วไปว่ากระดูกหักนั้นพบได้บ่อยในแฮมสเตอร์ ส่วนใหญ่เกิดขึ้นเนื่องจากอุบัติเหตุ เช่น การจัดการสัตว์อย่างไม่เหมาะสม หรือเมื่อหนูแฮมสเตอร์พยายามจะดึงขาของมันออกจากตะแกรงลวดหรือวงล้อออกกำลังกายของกรง เนื่องจากแฮมสเตอร์มีขนาดเล็กมาก กระดูกหักจึงรักษาได้ยาก อย่างไรก็ตาม การรักษากระดูกหักในแฮมสเตอร์นั้นค่อนข้างง่าย แต่ควรควบคุมแฮมสเตอร์อย่างเหมาะสมและพักผ่อนให้เพียงพอเพื่อให้มั่นใจว่าหายดีแล้ว
โรคปอดบวมหรือการอักเสบของปอดมักไม่พบในแฮมสเตอร์ เมื่อเกิดขึ้น มักเป็นผลจากการติดเชื้อแบคทีเรียอย่างน้อยหนึ่งชนิด บางครั้งร่วมกับไวรัสหรือสารติดเชื้อชนิดอื่นๆ การติดเชื้อเหล่านี้เป็นเรื่องยากโดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับหนูแฮมสเตอร์ที่จะต่อสู้เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อมที่ก่อให้เกิดความเครียด เช่น การเปลี่ยนแปลงของอุณหภูมิห้องอย่างกะทันหัน
โรคไตอักเสบเป็นภาวะทางการแพทย์ที่ทำให้เกิดการอักเสบของไต สิ่งนี้อาจเกิดขึ้นในหนึ่งหรือทั้งสองไต โดยปกติการอักเสบเกิดจากการติดเชื้อไวรัสหรือแบคทีเรีย โรคไตอักเสบอาจเกิดจากความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกันหรือความดันโลหิตสูง หากปล่อยทิ้งไว้โดยไม่รักษา ไตจะเสื่อมสภาพ ซึ่งเนื้อเยื่อไตปกติจะถูกแทนที่ด้วยเนื้อเยื่อเส้นใย นี้เรียกว่าโรคไต
อาการท้องผูกและท้องร่วงเป็นความผิดปกติที่พบได้บ่อยที่สุดในความสม่ำเสมอของอุจจาระ องค์ประกอบ และความถี่ของการเดิน หนูแฮมสเตอร์อาจท้องผูกได้เนื่องจากสาเหตุหลายประการ: ปรสิตในลำไส้ เช่น พยาธิตัวตืด ลำไส้อุดตัน หรือการพับของลำไส้ (ลำไส้กลืนกัน)
ภาวะหัวใจล้มเหลวเป็นภาวะที่กล้ามเนื้อหัวใจอ่อนแรงและไม่สามารถสูบฉีดเลือดไปทั่วร่างกายได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เลือดไปสะสมในเส้นเลือดและอาการบวมน้ำที่ตามมา
โรคอุจจาระร่วงที่เกิดจากแบคทีเรีย Escherichia coli เป็นอาการที่เกิดขึ้นบ่อยในหนูแฮมสเตอร์ โดยเฉพาะหนูแฮมสเตอร์อายุน้อยและทารกแรกเกิดที่มีระบบภูมิคุ้มกันที่พัฒนาไม่ดี โดยปกติ การติดเชื้อ E. coli (หรือ Colibacillosis) เกิดขึ้นเนื่องจากสภาพความเป็นอยู่ที่ไม่ถูกสุขลักษณะและติดต่อได้โดยการกลืนอาหารและน้ำที่ปนเปื้อนเข้าไป แม้ว่าจะแพร่เชื้อผ่านอากาศได้เช่นกัน